Мікробіом кишківника NGS

Кишковий мікробіом — керований чинник здоров'я. Дисбіоз (порушення балансу мікробної спільноти) асоційований із синдромом подразненого кишечника, запальними захворюваннями кишечника, метаболічним синдромом, ожирінням, нейродегенеративними та афективними розладами. Раннє виявлення відхилень дозволяє запобігати ускладненням і персоналізувати лікування — навіть коли дисбіоз передує клінічним симптомам.

Сучасний підхід виходить за межі пошуку поодиноких патогенів: кишкова мікробіота профілюється як єдина екосистема, у якій оцінюють і «корисні», і опортуністичні бактерії. Оскільки мікробіота динамічна (залежить від генетики, харчування, способу життя), «норма» гнучка. Тому дисбіоз оцінюють через призму нормобіозу — ступеня відхилення від мікробного підпису здорової популяції.

Секвенування нового покоління (NGS) кишкового мікробіому — молекулярно-генетичний метод, що зчитує ДНК усіх бактерій у зразку калу і будує кількісний профіль спільноти: від співвідношення великих філ до окремих родів і видів.

На відміну від цільової ПЛР (яка бачить лише види зі свого переліку) і бактеріологічного посіву (який росте лише культивовані аероби і пропускає більшість облігатних анаеробів кишечника), NGS дає повну картину екосистеми — сотні таксонів одночасно, включно з тими, що не культивуються.

Як працює метод

1. Самозабір зразка калу пацієнтом у стабілізуючий контейнер (ДНК зберігається при кімнатній температурі).
2. Виділення бактеріальної ДНК з усіх мікроорганізмів зразка.
3. Ампліфікація гена 16S рибосомальної РНК — універсального бактеріального маркера, консервативні ділянки якого спільні для всіх бактерій, а варіабельні (V1–V9) слугують «штрих-кодом» таксона. Секвенуються обрані регіони (V3–V4) на платформі Illumina.
4. Біоінформатичний аналіз — зіставлення послідовностей із референсними базами (SILVA та ін.), підрахунок і нормалізація зчитувань.
5. Формування профілю — таблиця таксонів із відносною рясністю, показники різноманіття та порівняння зі здоровою референсною популяцією.

Що показує дослідження

• Загальне різноманіття (альфа-різноманіття) — інтегральний маркер стійкості мікробіому; його зниження супроводжує більшість хронічних станів.
• Співвідношення ключових філ (Firmicutes / Bacteroidetes та ін.) і баланс основних функціональних груп.
• Корисні таксони — продуценти масляної кислоти (бутирату), що живить колоноцити і підтримує бар'єр (Faecalibacterium prausnitzii, Roseburia), а також Akkermansia muciniphila, Bifidobacterium, Lactobacillus.
• Опортуністичні та прозапальні таксони — надлишок протеобактерій, сульфат-редукуючих бактерій та інших маркерів дисбіозу.
• Функціональні підписи, відомі з літератури (запальний, метаболічний профіль).

Показання: кому призначено

• Синдром подразненого кишечника та інші функціональні розлади — об'єктивізація мікробного компонента.
• Запальні захворювання кишечника (у комплексі спостереження) — оцінка дисбіозу і моніторинг у динаміці.
• Хронічне здуття, нестабільні випорожнення, дискомфорт без встановленого органічного діагнозу.
• Метаболічні стани — ожиріння, інсулінорезистентність, метаболічний синдром.
• Після тривалої або повторної антибіотикотерапії — оцінка відновлення мікробіоти.
• Персоналізація дієти, пробіотичної та пребіотичної підтримки — вибір втручання під конкретний профіль.
• Моніторинг ефективності втручань — повторне дослідження для контролю в динаміці.

Важливо: дихальні (водневий/метановий) тести для діагностики надлишкового бактеріального росту в Україні недоступні; контроль динаміки мікробіоти виконується повторним мікробіомним дослідженням, а не дихальним тестом.

Типи виконання дослідження

Дослідження доступне у кількох варіантах — усі виконуються з одного зразка, різниться глибина аналізу та обсяг рекомендацій:

• Базовий мікробіомний профіль — кількісний склад мікробіоти, показники різноманіття, індекс відхилення від норми та ключові корисні/опортуністичні таксони.
• Розширений профіль із персоналізованими рекомендаціями — базовий профіль плюс індивідуальний блок: дієтичні акценти під виявлений профіль, обґрунтований підбір про-/пребіотиків, точки повторної оцінки.
• Динамічний контроль (повторне дослідження) — порівняння «до/після» втручання для об'єктивної оцінки ефекту.

Що отримує пацієнт

• Структурований клінічний звіт українською із візуалізацією профілю та порівнянням із нормою.
• Індекс/оцінку ступеня дисбіозу відносно здорової референсної популяції.
• У розширеному варіанті — блок персоналізованих рекомендацій для лікаря і пацієнта.

Підготовка до дослідження

1. Не приймати антибіотики щонайменше 4 тижні до забору (за можливості — 8 тижнів після завершення останнього курсу).
2. Не приймати пробіотики та пребіотики щонайменше 2 тижні до забору.
3. Не приймати протипаразитарні засоби щонайменше 4 тижні до забору.
4. Не використовувати проносні засоби, ректальні свічки та клізми щонайменше 5 днів до забору.
5. Не проводити колоноскопію та іригоскопію щонайменше 4 тижні до забору (підготовка до цих процедур повністю змінює склад мікробіоти).
6. Не здавати зразок під час гострої кишкової інфекції та протягом 2 тижнів після її завершення.
7. Не здавати зразок під час менструації.
8. Зразок відбирається з середньої частини випорожнення (не з початку і не з кінця), у наданий стабілізуючий контейнер — згідно з доданою інструкцією. Не допускати потрапляння сечі і туалетної води.
9. Зберігання після забору: за кімнатної температури до 48 годин (у стабілізуючому буфері), або в холодильнику (+4°C) до 24 годин. Не заморожувати самостійно без вказівки лабораторії.
10. Доставка: того ж або наступного дня після забору.