Мікробіом вагінальний NGS

Вагінальний мікробіом — унікальна за структурою мікробна ніша: на відміну від кишечника, здоров'я тут пов'язане з низьким, а не високим різноманіттям. Домінування лактобактерій (Lactobacillus spp.), які продукують молочну кислоту і підтримують кислий pH (3,8–4,5), — головний фактор захисту від інфекцій. Втрата цього домінування і зростання анаеробної та факультативної флори лежать в основі бактеріального вагінозу, аеробного вагініту та підвищеної вразливості до інфекцій, що передаються статевим шляхом.

Стан вагінальної мікробіоти має прямі наслідки для репродуктивного здоров'я: дисбіоз асоційований із невдачами екстракорпорального запліднення, невиношуванням, передчасними пологами та ускладненнями вагітності. Тому об'єктивна оцінка складу спільноти виходить за межі простого пошуку одного збудника.

Секвенування нового покоління (NGS) вагінального мікробіому — молекулярно-генетичний метод, що зчитує ДНК усіх бактерій зразка і будує повний кількісний профіль спільноти, включно з важко- та некультивованими анаеробами, які визначають бактеріальний вагіноз.

Мікроскопія за Грамом (критерії Nugent, Amsel) — стандарт скринінгу бактеріального вагінозу, але метод напівкількісний, оператор-залежний і не ідентифікує конкретні таксони.

Бактеріологічний посів росте переважно аеробну флору і практично не виявляє ключових анаеробів вагінозу (Gardnerella, Atopobium/Fannyhessea vaginae, Mobiluncus, бактерії клади BVAB).

Цільова ПЛР точна, але обмежена переліком мішеней у панелі.

NGS усуває ці обмеження: кількісний профіль усієї спільноти, з відносною рясністю кожного таксона, дозволяє класифікувати мікробіом за типом спільноти і виявити молекулярні форми дисбіозу, невидимі для мікроскопії.

Як працює метод

1. Забір вагінального зразка (самозабір або лікарем) у стабілізуючий буфер.
2. Виділення ДНК усіх мікроорганізмів.
3. Ампліфікація гена 16S рРНК (регіони V3–V4) на платформі Illumina.
4. Біоінформатичний аналіз із зіставленням із референсними базами (SILVA та спеціалізованими вагінальними базами).
5. Класифікація за типами вагінальної спільноти і формування клінічного профілю.

Як читається результат: типи вагінальної спільноти

Здоровий і дисбіотичний стани описують через типи мікробної спільноти (Community State Types, CST) за Ravel та співавт.:

• CST I — домінування Lactobacillus crispatus (найстабільніший, найбільш захисний);
• CST II — Lactobacillus gasseri;
• CST III — Lactobacillus iners (менш стабільний, перехідний);
• CST V — Lactobacillus jensenii;
• CST IV — низька частка лактобактерій і переважання анаеробної поліфлори (Gardnerella, Fannyhessea/Atopobium vaginae, Prevotella та ін.) — молекулярний корелят бактеріального вагінозу.

Такий підхід відповідає на клінічно значущі питання: чи є захисне лактобактеріальне домінування, наскільки виражений дисбіоз, які саме анаероби переважають і чи присутні маркери аеробного вагініту (Streptococcus, Escherichia coli, Staphylococcus).

Показання: кому призначено

• Рецидивуючий бактеріальний вагіноз — об'єктивізація складу флори і причин рецидивів після стандартної терапії.
• Хронічні або рецидивуючі вагінальні симптоми (виділення, дискомфорт) із неоднозначними результатами мікроскопії та посіву.
• Аеробний вагініт і змішані форми дисбіозу.
• Підготовка до екстракорпорального запліднення та програм допоміжних репродуктивних технологій — оцінка рецептивного мікробного середовища.
• Обтяжений акушерський анамнез — невиношування, передчасні пологи, пізні викидні (оцінка мікробного чинника поза вагітністю або за призначенням лікаря).
• Планування вагітності за наявності хронічного дисбіозу.
• Контроль ефективності лікування — повторне дослідження після терапії бактеріального вагінозу чи відновлення лактофлори.

Не показано: рутинний скринінг у безсимптомних жінок без клінічного питання чи репродуктивного контексту.

Що отримує пацієнтка і лікар

• Кількісний профіль усіх виявлених таксонів із відносною рясністю.
• Класифікація за типом спільноти (CST) і частка лактобактерій.
• Оцінка ступеня дисбіозу та ідентифікація домінуючих анаеробних/аеробних маркерів.
• Клінічна інтерпретація для вибору тактики (терапія, відновлення лактофлори, контроль).

Формат — структурований клінічний звіт українською.

Підготовка до дослідження

1. Не приймати системні антибіотики щонайменше 4 тижні до забору; місцеві антибактеріальні та антисептичні препарати (вагінальні свічки, креми, таблетки) — щонайменше 7 днів до забору.
2. Не застосовувати вагінальні пробіотики (свічки, капсули) щонайменше 2 тижні до забору.
3. Утриматися від статевих контактів за 48 годин до забору.
4. Не спринцюватися і не використовувати вагінальні гелі, лубриканти, дезодоранти щонайменше 5 днів до забору.
5. Не здавати зразок під час менструації: оптимально — в першій фазі циклу (5–12-й день) після повного припинення виділень.
6. У день забору: вмитися зовні чистою водою без мила й антисептиків; не проводити внутрішню гігієну безпосередньо перед забором.
7. Самозабір: ввести тампон-аплікатор у піхву на глибину ~5 см, повільно обертати 15–20 секунд по стінках, витягти і помістити у стабілізуючий буфер. Або забір виконується лікарем.
8. Доставка: того ж дня або наступного (за температури +4°C у холодильнику, не заморожувати).